Финансовое обеспечение образовательной деятельности Московской экономической школы осуществляется на основе бюджета, отчёт об исполнении которого ежегодно утверждается Правлением МЭШ.
Использование финансовых средств, получаемых в качестве субсидии из бюджета г. Москвы на возмещение затрат в связи с предоставлением гражданам дошкольного, начального общего, основного общего и среднего общего образования, находят отражение в ежеквартальных отчётах об использовании субсидии.