МЭШ — некоммерческая организация, покрывающая свои текущие расходы преимущественно за счет родительской платы за обучение.
МЭШ также ежегодно получает субсидии из бюджета г. Москвы на возмещение затрат в связи с предоставлением дошкольного и общего образования гражданам, имеющим место жительства в г. Москве.

Годовой норматив по субсидиям, установленный на 2017 год, составляет:

• для дошкольного образования (возраст от 3 до 5 лет) – 35 600 руб.,
• для дошкольного образования (возраст от 5 до 7 лет) – 41 200 руб.,
• для общего начального, основного, среднего (полного) образования – 63 112 руб.

Размер платы за обучение устанавливается ежегодно Правлением МЭШ при утверждении бюджета школы на следующий календарный год. Указанный размер платы за обучение не включает в себя возмещение затрат по предоставленным г. Москвой субсидиям (учащиеся, зарегистрированные за пределами города Москвы, оплачивают дополнительно вместе с платой за обучение годовой норматив по субсидиям, установленный на соответствующий год).