МЭШ — некоммерческая организация, покрывающая свои текущие расходы преимущественно за счет родительской платы за обучение.
МЭШ также ежегодно получает субсидии из бюджета г. Москвы на возмещение затрат в связи с предоставлением дошкольного и общего образования гражданам, имеющим место жительства в г. Москве.

Размер субсидии из бюджета г. Москвы, установленный на 2020 год, составляет:

• для дошкольного образования (возраст от 3 до 5 лет) – 185 000 руб.,
• для дошкольного образования (возраст от 5 до 7 лет) – 185 000 руб.,
• для начального общего образования – 135 012 руб.
• для основного общего образования – 155 012 руб.
• для среднего общего образования – 175 012 руб.

Размер платы за обучение устанавливается ежегодно Правлением МЭШ при утверждении бюджета школы на следующий календарный год. Указанный размер платы за обучение не включает в себя возмещение затрат по предоставленным г. Москвой субсидиям (учащиеся, зарегистрированные за пределами города Москвы, оплачивают дополнительно вместе с платой за обучение годовой норматив по субсидиям, установленный на соответствующий год).